Aan de Walstraat stond in de vroege Middeleeuwen het woonhuis van de familie Kadeneter, een van de oudste families van de stad. Achter deze huizen lag een open hof die tot in de Schoutensteeg reikte. De laatste vrouwelijke telg van de familie Kadeneter bestemde het woonhuis in 1390 tot een vrouwenklooster. Na een verbouwing van het woonhuis aan de Walstraat tot klooster kon het complex ongeveer 40 zusters huisvesten. Rond 1500 lieten de zusters in de binnenhof een kapel bouwen, gewijd aan St. Gertrudis. Tot de reformatie bleef de kapel in gebruik bij het Geertruidenconvent. 

Toen uit Frankrijk verdreven Hugenoten hun toevlucht zochten in Zwolle, kregen zij in 1686 de St. Geertruidenkapel als kerkgebouw aangeboden. Die was na de reformatie in onbruik geraakt; na de hervormingen in Zwolle kwamen in 1580 namelijk alle conventsbezittingen in de stad in handen van de burgerlijke gemeente. Tot op de dag van vandaag worden in de Waalse kerk diensten gehouden in het Frans. 
Aan de achterzijde van het kerkgebouw en in de gevels van de aangrenzende woonhuizen aan de Walstraat zijn nog resten te zien van oude kruisvensters, die herinneren aan het middeleeuwse kloostercomplex.

In 1978 lanceerde Han Prins een plan om het rommelige terrein rondom de Waalse Kerk nieuw in te richten. Hij stelde voor de vroegere open hof uit de Middeleeuwen te herstellen. Voor deze open ruimte zouden een aantal latere aanbouwen en garageboxen het veld moeten ruimen. Ook de vroegere kloostertuin tegenover de Waalse kerk vormde onderdeel van dit plan.  De ideeën van Han Prins voor deze locatie zijn nooit gerealiseerd. De vroegere kloostertuin tegenover de Waalse kerk (adres: Schoutenstraat 4) fungeert nog steeds als parkeerplaats voor omwonenden.